控制另一些远离基因的产物合成速率的基因。能控制阻碍物的合成，后者能抑制操纵基因的作用，从而停止它所控制的操纵子中的结构基因的转录。这种基因，主要的功能是产生一类抑制物，以制约其他基因的活动。也就是，一段有效的DNA片段，它可转录翻译而产生调节蛋白，该蛋白质与操纵基因相互作用，而对操纵子的活动进行控制。它在细胞中的作用犹如自动控制系统，它能使细胞在需要时合成某种酶，在不需要时则停止合成。调节基因如发生突变，在不需要这种酶时，它仍能促进结构基因产生正常的酶，结果造成浪费。

　　在胚胎发育中，有一些可以产生蛋白质的调节基因能够决定胚胎发育出前端还是后端，背侧还是腹侧等等（Hox基因），或者决定特定器官的构建，比如眼睛（pax基因）。海绵只有一个Hox基因，节肢动物有8个，哺乳动物有4个Hox基因簇，其中含有38个基因。老鼠和果蝇都有6个Hox基因，它们的共同祖先原口动物和后口动物肯定已经有了6个Hox基因。

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