各种抑制基因的作用可以有不同的专一性。果蝇的毛翅抑制基因Su-Hw除了抑制毛翅以外，对于分叉刚毛(bifid，bi)，翅脉中断(cubitusinterruptus，ciD)也有一定程度的抑制作用；星眼抑制基因则只对星眼突变(star，S)有抑制作用。脉孢菌的紫色腺嘌呤缺陷型的抑制基因只抑制该突变型的紫色表型而不抑制对于腺嘌呤的需要这一表型。琥珀突变型抑制基因的抑制作用针对无义密码子UAG，而不论这一无义突变发生在哪一基因中，所以它又称为超抑制基因。相反地，许多抑制基因的作用是座位专一的，它能抑制某一突变基因的表型，不论突变发生在这基因的哪一位点。某些抑制基因的作用则是位点专一的，它对被抑制基因的抑制作用只限于某些位点上的突变。例如大肠杆菌的突变型dnaAts是在高温中不能复制DNA的突变型。rpoB是它的抑制基因，每一个rpoB突变只抑制某一些位点发生突变的dnaAts突变型，而不抑制同一基因的某些其他位点的突变型。一般认为位点专一性是由于抑制基因与被抑制基因所编码的两种蛋白质分子的相互作用只限于某些相对应的部位的缘故。某些抑制基因能够抑制许多突变基因的表型，例如琥珀突变型抑制基因。相反地，一个基因的表型也可以被几个不同的抑制基因所抑制，例如脉孢菌紫色腺嘌呤缺陷型至少有三个抑制基因。

　　某些抑制基因本身并没有表型效应，例如果蝇的毛翅抑制基因。某些抑制基因本身具有突变型表型效应，例如大肠杆菌的色氨酸合成酶A亚基基因的突变型A446对于另一个A亚基突变型A46是抑制基因，A46对A446来讲也是抑制基因。脉孢菌的紫色腺嘌呤缺陷型的几个抑制基因本身也都是腺嘌呤缺陷型。大肠杆菌中由于tRNA基因发生突变的抑制基因则虽然没有一般的突变型表型，可是普遍地降低生活力。

　　抑制基因或是隐性的，或是显性的。在细菌等单倍体生物中，不论抑制基因是隐性或显性，往往可以从被它抑制的突变型──假的回复体中发现。这些假的回复体和野生型杂交的子代中总是或多或少地出现原来的突变型；相反地，真的回复体和野生型杂交的子代中则不出现原来的突变型。在二倍体的高等生物中，按照子二代中出现野生型和突变型的比数便可以判断抑制基因的存在以及抑制基因的显隐性关系。

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