本科院

医学部

兽医学部

齿学部

药学部

理学部

工学部

农学部

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经济学部

文学部

水产学部

教育学部

研究生院

教育学部 (教育学部 / 教育学院 / 教育学研究院)

水产学部 (水产学部 / 水产科学院 / 水产科学研究院)

理学部 (理学部 / 理学院 / 理学研究院)

农学部 (农学部 / 农学院 / 农学研究院)

药学部 (药学部 / 药学研究院)

国际传媒与观光研究生院 (国际传播媒体研究科, 2007年4月增设观光研究所, 改组为 国际传播媒体·观光学院)

信息科学研究生院 (资讯科学研究科)

环境科学院 / 地球环境科学研究院

生命科学院 / 先端生命科学研究院

研究所

低温科学研究所

电子科学研究所

斯拉夫研究中心

触媒化学研究中心

北方生物圈领域科学中心

防灾科学研究所·长冈雪冰防灾研究所

观光学高等研究中心

外语教育中心

媒体·沟通研究院

社会科学实验研究中心等

札幌校区

位于札幌市中心的北大主校区，占地约为177万平方公尺，除位于函馆的水产学部外的所有学部，研究所和研究中心都设在这里。仅仅学生食堂就有10处以上，相当于一条小街的规模。校园的主要大道为一条长1500公尺的南北向大道。各个学部分布在其左右。校园的东侧紧靠着札幌火车站，也靠近札幌地铁的12条站和18条站。随着札幌市的扩展，北大也渐渐成为市中心交通阻塞的影响因素。 北大校园内最著名的景观就是白杨林大道，位于理学部与工学部之间靠近农场附近，长约300米。2004年9月的台风袭击中，具有上百年树龄的白杨树遭到了很大的破坏。1999年起，校园中部的旧理学馆大楼改建为北海道大学综合博物馆。位于校园北区的重要文化遗产札幌农学校第二农场，是根据克拉克博士的构想而建立的模范家畜,中央草坪附近立有克拉克博士的胸像，是来北大参观的游客经常留影的地方。主校园的南面由北海道大学植物园，与主校区相距几千公尺，是札幌市中心最大的绿化地带。

函馆校区

位于函馆市区。由水产学部和水产科学研究所组成。前身为札幌农学校水产学科，1935年改名为函馆高等水产学校独立于北大，1949年随着新制大学制度的施行，并入北海道大学，与农学部水产学科合并为水产学部。

其他

北海道内设有有珠火山观测所，厚岸临海实验所，静内研究牧场，生物生产研究农场余市果树园，洞爷临湖实验所，各研究林等的20处设施。

在北海道外，也拥有和歌山县古座川町429万平方米的研究林。

校内所有设施总计建筑面积约6万6000公顷。