慕尼黑工业大学的前身由巴伐利亚国王路德维希二世于1868年建立，其官方名称为“慕尼黑皇家拜仁工学院”（Koeniglich Bayerische Technische Hochschule München），当时是一所综合技术学校，并于1970年由工学院改名为工业大学。1901年学校获得颁发博士学位资格，1930年合并魏恩施蒂芬农业与酿造学院（Hochschule für Landwirtschaft und Brauerei Weihenstephan）。1937年由马克思·施密特(Max Schmitt）设计的新校建筑在宁芬堡扩建并一直保存。二战期间，学校旧址地带80%被破坏，1946年重建并成立了校办工厂。加兴（Garching）校区于1957年因慕尼黑核反应堆的开工而成立。1967年在伊萨尔河畔的临床教学中心（Klinikum rechts der Isar）成立医学院。2004年莱布尼茨中子反应堆作为二期工程在加兴建成。化学教授沃尔夫冈·A·赫尔曼(Wolfgang A. Herrmann）自1995年起担任慕尼黑工业大学校长，他是当今德国一位旗帜鲜明的高校改革者。他于2005年5月10日被学校管理委员会一致推选并第二次连任校长。他的倡议最初始于对慕尼黑工业大学的根本性结构变革，后来其他州以及奥地利的高校也纷纷效仿其新的高校规章制度。2006年慕尼黑工业大学被评为德国首批的三所精英大学之一，从2006年11月起将从政府获得每年3000万欧元的科研资助。