洛桑联邦理工大学创办于1853年，名为“洛桑特别学院”（École spéciale de Lausanne）起初是一个私立学校，是在巴黎终于理工（École Centrale Paris）毕业生Lois Rivier以及 John Gay的倡导之下建立的。当时只有11个学生，学校办公室位于 Rue du Valentin in Lausanne。洛桑特别学院在1869年成为洛桑大学（Académie de Lausanne）的工程系。1890年，洛桑大学取得大学地位时，工程系更名为“洛桑大学工程学院”（ École d'ingénieurs de l'Université de Lausanne）。1946年，更名为“洛桑大学理工学院”（École polytechnique de l'Université de Lausanne (EPUL)）。1969年，洛桑大学理工学院从洛桑大学独立出来，成为一所由瑞士联邦政府直接管理的大学，并改为现名。除了洛桑联邦理工学院与苏黎世联邦理工学院，瑞士其它大学均由所在州的州政府管理。2008年，EPFL合并了瑞士癌症临床研究中心（ Swiss Institute for Experimental Cancer Research (ISREC) ）。 

1946年，学校只有360个学生。1969年，EPFL已经有1400学生，55名教授。在过去的20年当中，学校迅速扩大，到了2012年，校园已经有学生以及教职工14000多人，其中包括9300多名本科生，硕士，博士。由于学校从1969开始沿用EPFL这个名字，并且1969年学校在校学生人数不足1500。因此在泰晤士高等教育专刊（Times Higher Education）当中还把EPFL列为建校50年以内的学校，并且在2013年排名第二。 校园里有来自超过125个国家的学生，学校的教学语言为英语和法语。